A segurança da unidade de disco é usada para proteger suas unidades internas de uso não autorizado. Por exemplo, escondendo com segurança seu disco do sistema operacional de seus usuários, você pode evitá-los de salvar o lixo indesejado e vandalizá-lo. A funcionalidade do Autorun também pode ser desativada em discos rígidos específicos ou grupos de acionamento. Isso impedirá que o Windows instale automaticamente programas nesse disco rígido.
O serviço de alocação de arquivos está desativado em todas as unidades, exceto para a partição primária nas unidades de disco interno, exceto as partições padrão. É importante criar uma única partição em todos os discos para que o Windows seja capaz de inicializar seu computador corretamente. As ferramentas de limpeza de disco também estão disponíveis no Windows que permitem excluir todas as partições não utilizadas no disco. Desfragmentador de disco também está disponível no Windows que pode ajudá-lo a organizar arquivos fragmentados no disco rígido.
A criptografia é outra configuração do sistema que permite criptografar todo o disco rígido, incluindo os dispositivos LBA e POS. Você pode criar uma senha padrão e criar uma chave de criptografia com base na senha mestra. O algoritmo de criptografia é implementado de forma semelhante ao algoritmo do Blowfish usado pelo Linux. As chaves de criptografia podem ser derivadas da configuração de partição atual ou podem ser geradas aleatoriamente com o sistema de arquivos NTFS. A imagem de disco permite a criação de arquivos de imagem do disco rígido que podem ser usados por outros aplicativos.